Fundacja Humanitarna we Włocławku została zarejestrowana przez Sąd Rejonowy dla m. st. Warszawy dnia 22 września 1998 roku i wpisana do rejestru Fundacji pod numerem 5558. Dnia 11 czerwca 2001 roku Fundacja została wpisana do KRS przez Sąd Rejonowy w Toruniu pod nr 0000019217. W dniu 22 marca 2004 roku otrzymała status Organizacji Pożytku Publicznego.